Struktur dari Folder CI bisa dilihat seperti gambar di samping.
Struktur dari codeigniter sama seperti beberapa framework yang pernah saya coba, seperti react-native, dan laravel.
untuk penjelasan dari bagian-bagian folder ini berikut saya bisa jelaskan beberapa bagian dari struktur folder tersebut:
1. App
Folder app merupakan folder yang menjadi tempat bagi pengguna dalam mengembangkan website mereka, dalam folder app terdapat beberapa sub-folder lagi, diantaranya : 
a. config - merupakan folder yang digunakan untuk melakukan konfigurasi website, mulai dari database, url sampai dengan pengaturan library.
b. controllers - merupakan forlder yang khusus untuk menyimpan coding untuk proses pengaturan maupun logika-pada websites.
c. database - folder yang khusus menyimpan database dari codeigniter (migrasi data)
d. helpers - folder yang dikhususkan untuk menyimpan fungsi atau perintah tambahan pada websites.
e. Lenguage - folder pengaturan bahasa bagi codeigniter.
f. Libraries - folder yang digunakan untuk menyimpan library tambahan maupun library bawaan dari codeigniter.
g. Models - folder yang digunakan untuk berkomunikasi dengan database yang berisi perintah manipulasi data dari database.
h. third_party - folder yang digunakan untuk menyimpan berbagai plugin yang diperlukan untuk pengembangan website.
i. views - folder yang berfungsi sebagai tempat untuk menempatkan kode khusus untuk bagian tampilan dari websites.
2. node_modules
Folder tambahan dari library nodes, folder ini biasanya tidak ditemukan ketika melakukan instalasi Codeigniter pertama kali.
3. Public
Merupakan folder yang bertugas untuk menampung file-file yang diperlukan dalam pengembangan website entah itu penambahan file gambar dari website ataupun penambahan file dokumen, sesua dengn keperluan dari pengguna.
4. Test
Merupakan folder yang digunakan untuk menimpan semua file test yang dibuat oleh pengguna dalam mengembangakn sebuah aplikasi dengan beberapa metode yang mengharuskan membuat test-file agar mempermudah debugging proram nantinya.
5. Vendor
Merupakan folder yang berisi library yang dibutuhkan dalam pengembangan sebuah aplikasi, folder ini nantinya akan disesuaikan oleh kebutuhan dari masing masing user, selain itu folder ini juga terdapat beberapa kode core dari system CI.
6. Writable
Folder ini berisi file yang ditulis oleh aplikasi. Nantinya, kita bisa pakai untuk menyimpan file yang di-upload, logs, session, dll.